武陵王萧纪派将军侯睿带七千人马，修筑营垒和陆法和对峙。皇帝派人给萧纪送信，答应让他回蜀地，在那儿独自掌权；萧纪不听，回信就像家人通信那样，没把皇帝的提议当回事。陆纳被平定后，湘州各路军队陆续往西进发，皇帝又给萧纪写信说：“论年纪我比你大一点，又有平定叛乱的功劳，大家都乐意推举我当皇帝，这皇位自然就归我了。要是你派使者来商量，我很期待。要是你不答应，那我就不再多说了。咱们兄弟之间，本是同根生，关系亲密，如今却可能像兄肥弟瘦的典故那样，再也没相见的机会，也没法像让枣推梨那样享受兄弟间的欢乐时光了。我心里对你还是有感情的，信里实在说不完。”萧纪的军队在这里停留了很久，打了好几仗都不顺利，又听说北魏军队深入蜀地，成都孤立危险，他又忧愁又烦闷，不知道该怎么办。于是派他的度支尚书乐奉业到江陵求和，请求按照之前皇帝说的，让他回蜀地。乐奉业心里明白萧纪肯定要失败，就对皇帝说：“蜀军粮食短缺，士兵死了很多，灭亡指日可待。”皇帝就不答应和他讲和。
萧纪把一斤黄金做成一个饼，一百个饼装一箱，有一百箱之多，银子数量是金子的五倍，锦罽、缯彩等财物也和金银数量相当。每次打仗，他就把这些财物挂出来给将士们看，但却不舍得用来奖赏。宁州刺史陈智祖请求把这些财物散发出去招募勇士，萧纪不听，陈智祖气得大哭，最后悲愤而死。有人有事求见萧纪，萧纪就称病不见，这样一来，将士们人心涣散。
秋天七月辛未日，巴东百姓符升等人杀了峡口城主公孙晃，向王琳投降。谢答仁、任约进攻侯睿，把他打败了，还拿下了他的三座营垒。于是两岸的十四座城都投降了。萧纪没办法后退，只能顺着江水往东走，游击将军南阳人樊猛追击他，萧纪的军队彻底崩溃，掉进水里淹死的有八千多人，樊猛把他包围起来看守着。皇帝秘密命令樊猛说：“要是让萧纪活着回来，就算你没完成任务。”樊猛带兵到了萧纪所在的地方，萧纪在船里绕着床乱跑，把装着金子的袋子扔给樊猛说：“用这个雇你，送我去见七官（皇帝）。”樊猛说：“天子哪是你想见就能见的！杀了你，这些金子还不都是我的！”于是就杀了萧纪和他的小儿子萧圆满。陆法和把太子萧圆照兄弟三人抓起来送到江陵。皇帝把萧纪从皇族名册里除名，赐他姓饕餮氏。把刘孝胜关进监狱，不久又放了。皇帝派人对江安侯萧圆正说：“西边的军队已经败了，你父亲生死不知。”意思是想让他自杀。萧圆正听了放声大哭，不停地喊着自己是世子。皇帝多次派人去观察，发现他不想死，就把他移送廷尉监狱。萧圆正见到萧圆照，说：“哥哥你为什么要搅乱我们骨肉亲情，让我们遭受这么痛苦的事！”萧圆照只是说“计策失误”。皇帝下令让他们在监狱里绝食，最后饿到互相咬手臂吃，过了十三天就死了，远近的人听说后都觉得很悲惨。
乙未日，王僧辩回到江陵。皇帝下诏让各路军队各自回到自己镇守的地方。
北魏尉迟迥包围成都已经五十天了，永丰侯萧?多次出城迎战，都失败了，于是请求投降。将领们不想答应，尉迟迥说：“接受投降，将士们能保全性命，远方的百姓也会高兴；要是继续攻打，将士们会有伤亡，远方的百姓也会害怕。”于是就接受了投降。八月戊戌日，萧?和宜都王萧圆肃带着文武官员到军营门口投降；尉迟迥以礼相待，在益州城北和他们结盟。让当地官吏和百姓都恢复原来的生活，只没收了奴婢和储存的物资来奖赏将士，军队没有中饱私囊。北魏任命萧?和萧圆肃为开府仪同三司，任命尉迟迥为大都督益、潼等十二州诸军事、益州刺史。
庚子日，皇帝下诏说要回建康，领军将军胡僧佑、太府卿黄罗汉、吏部尚书宗懔、御史中丞刘彀进谏说：“建康的帝王之气已经没了，而且和敌人只隔着一条江，要是有什么意外，后悔都来不及！再说自古以来就有说法：‘荆州的沙洲数量满一百，就会出天子。’现在枝江长出新的沙洲，数量已经满一百了，陛下登基，这就是应验啊。”皇帝让朝臣们讨论这件事。黄门侍郎周弘正、尚书右仆射王褒说：“现在老百姓没看到陛下回到建康，还以为陛下只是众多诸侯王中的一个；希望陛下顺应天下人的期望。”当时群臣大多是荆州人，都说：“周弘正他们是东边的人，就想着回东边，恐怕不是好主意。”周弘正当面反驳说：“东边的人劝回东边，就说不是好主意；你们西边的人想留在西边，难道就是好办法？”皇帝听了笑了。又在后堂商议，参会的有五百人，皇帝问大家：“我想回建康，你们觉得怎么样？”众人都不敢先回答。皇帝说：“劝我回建康的人袒露左边肩膀。”结果袒露左边肩膀的超过一半。武昌太守朱买臣对皇帝说：“建康是旧都，先帝陵墓都在那儿；荆州地处边疆，不是帝王该待的地方。希望陛下别犹豫，不然会后悔的。我家在荆州，难道不希望陛下留在这里吗，但我担心这只是为了我的富贵，而不是陛下的富贵啊！”皇帝让术士杜景豪占卜，结果不吉利，杜景豪对皇帝说：“先别走。”退下后又说：“这个卦象显示是被鬼贼留下。”皇帝因为建康城已经破败不堪，而江陵正处于全盛时期，心里也倾向于留在江陵，最终听从了胡僧佑等人的建议。
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